จุดควบคุมอ่าวเซินเจิ้นตั้งอยู่ในเขตหนานซานในเซินเจิ้น และเชื่อมต่อกับเขตหยวนหลงในเขตดินแดนใหม่ของฮ่องกงผ่านสะพานเซินเจิ้นเบย์ อีกทั้งยังเป็นจุดควบคุมเขตแดนแห่งแรกที่มี "ทำเลร่วมของสถานที่อำนวยความสะดวกในการข้ามพรมแดน" แก่ทั้งผู้โดยสารและการจราจรทางพาหนะระหว่างฮ่องกงและแผ่นดินใหญ่ โดยกฎหมายของเขตปกครองพิเศษฮ่องกงจะบังคับใช้กับพื้นที่ท่าเรือฮ่องกงในจุดควบคุมแห่งนี้